S3 + 独自ドメインで公開していた静的なWebサイトをGoogle App Engineに移行しました。 その時のGAEでのドメイン設定のメモです。
ドメインの追加
デベロッパーコンソールの[設定] - [カスタムドメイン]の画面
追加したいドメインを入力して確認します。

ドメインの確認
ドメインはValue Domainでとりましたが、ドメイン レジストラまたはプロバイダを選択のところになかったので、その他を選択

画像はcnameで設定する場合です。txtレコードで設定しようとしたら、Google Apps用のtxtレコードが邪魔したようでNGになりました。

これらをValueDomainのDNS設定画面で設定します(ホストとターゲットの最後にドットが必要)
DNS設定が完了して設定が浸透した頃に確認ボタンを押すと確認OKになるはずです。

確認OKの場合はドメイン選択に追加したドメインが表示されます。

GAEの場合ネイキッド・サブのドメインが選択できます。S3は多少面倒なことをしないといけなかったので助かります。
Aレコードの設定
再度ValueDomainでDNSの設定をします。

あとは、DNSの浸透をまては完了